Penanganan perkara ini juga memunculkan dugaan subjektivitas. Kepala Kejari Depok, Arif Budiman, disebut pernah terlibat dalam tim Jaksa Penuntut Umum pada perkara yang sama di Kejagung tahun 2022. Latar belakang ini menimbulkan pertanyaan terkait independensi proses hukum yang tengah berjalan.
Selain itu, berdasarkan keterangan keluarga, selama proses pemeriksaan Kusyanto diduga mengalami tekanan verbal, penggunaan bahasa yang tidak mencerminkan etika pejabat publik, hingga indikasi intimidasi terhadap warga agar memberikan keterangan yang memberatkan.
Langkah Kejari Depok sepanjang Januari hingga Maret 2026 juga dinilai tidak proporsional. Selain penahanan Kusyanto, sejumlah aset yang tidak berkaitan langsung dengan perkara turut disita, termasuk kendaraan milik anak-anaknya dan rumah pribadi keluarga.
Di Parung, Bogor, tiga unit rumah yang telah ditempati warga sejak 2018 bahkan dipasangi garis pembatas. Padahal, properti tersebut merupakan bagian dari pengembangan pasca-kasus Limo. Karena proses sertifikasi belum rampung, para penghuni kini terancam kehilangan tempat tinggal meski telah melunasi pembayaran.
Dampak kemanusiaan dari perkara ini pun cukup besar. Tekanan psikologis yang dialami Kusyanto turut dirasakan keluarganya. Istri dan anaknya disebut mengalami gangguan kesehatan akibat trauma, sementara kondisi ekonomi keluarga terganggu karena penyitaan aset produktif. Reputasi yang dibangun selama puluhan tahun juga terdampak akibat status tersangka.
Di sisi lain, Kejari Depok menetapkan dua tersangka baru berinisial K dan J. Dalam kasus yang sama, proyek pengadaan lahan di Jalan Raya Limo disebut menimbulkan kerugian negara lebih dari Rp56,6 miliar. Keduanya diduga berperan sebagai perantara yang memanipulasi dokumen, termasuk pemalsuan kwitansi, serta mengklaim lahan milik pihak lain.
Akibatnya, PT APR diduga telah mengeluarkan dana besar tanpa memperoleh kepemilikan tanah. Dari praktik tersebut, kedua tersangka disebut meraup keuntungan pribadi sekitar Rp13 miliar.