Selain di Kalimantan, Permenko tersebut juga memuat sejumlah rencana infrastruktur kereta di luar Pulau Jawa yaitu Kereta Api Makassar – Parepare (Tahap I dari Pengembangan Jalur Lintas Barat Sulawesi Bagian Selatan); Kereta Api Tebing Tinggi – Kuala Tanjung (mendukung KEK Sei Mangkei, bagian dari Jaringan Kereta Api Trans Sumatera);Kereta Api Rantau Prapat – Kota Pinang; Infrastruktur Kereta Api Logistik di Kalimantan Timur dan Light Rail Transit (LRT) Provinsi Sumatera Selatan (Metro Palembang).